Pada tanggal 13 Juli 1986, pengurus membuka TKK Bintaro menggunakan surat izin TKK 4. Saat itu Kepala Sekolah dijabat oleh ibu Lisia Setiadi. Namun, tanah yang telah dibeli di kawasan Bintaro Permai yang sedianya akan digunakan untuk sekolah belum dapat dibangun karena terkendala banjir. Oleh karena itu, pengurus mengontrak 3 rumah di Bintaro Puspita II/5-7  untuk dijadikan bangunan TKK 4. Pada tanggal 17 Juli 1989, Ketua BPK PENABUR Jakarta waktu itu, Drs. Ruddy Koesnadi, merestui penggunaan bangunan panggung di Jl. Bintaro Melati VII Jakarta Selatan untuk TKK 4.

Bertepatan tanggal 1 Juli 1992 kepala Sekolah Ibu Lisia Setiadi digantikan oleh Ibu Estutitah Sumarwedi. Pada tahun 2004 TKK 4 pindah lokasi dari bangunan panggung di Jl. Bintaro Melati VII Jakarta Selatan ke bangunan baru di lokasi jl. Panglima Polim Kav A6 no 1 Boulevard Bintaro Jaya sector 7 Tangerang Selatan dan berganti nama menjadi TKK PENABUR Bintaro Jaya. Ibu Estutitah menjabat sebagai kepala sekolah hingga akhir hayatnya tanggal 18 November 2005.

Pada tanggal 1 Februari 2006 ibu Estutitah Sumarwedi digantikan oleh Ibu Marti Wahyu Harpendes hingga tanggal 30 Juni 2013. Pada tanggal  1 Juli 2013 kembali dilakukan permutasian Kepala Sekolah, ibu Marti Wahyu Harpendes digantikan oleh ibu Tities Sandra Riasti hingga 30 Juni 2017. Mulai tanggal 1 Juli 2017 ibu Tities Sandrariasti  digantikan oleh ibu Ratna Setyowati sampai dengan 30 Juni 2018 dan mulai tanggal 1 Juli 2018 Ibu Ratna Setyowati digantikan oleh ibu Agatha Ika Fibriyanti sampai sekarang.