SMAK PENABUR Gading Serpong adalah kelanjutan dari SMAK 6 BPK PENABUR Jakarta yang semula berada di wilayah Modern Land, Tangerang. Pada tahun 1999, SMAK 6 berdiri untuk menjawab kebutuhan lulusan dari SMPK Modern Land BPK PENABUR Jakarta dan juga keinginan masyarakat di Kota Tangerang dan sekitarnya yang berharap ada sekolah BPK PENABUR pada jenjang SMA di tempat ini. Dengan dukungan dari Yayasan BPK PENABUR Jakarta, akhirnya SMAK 6 berdiri dengan dipimpin kepala sekolah pertama Thomas Susanto, S.T. , dan dengan wakil kepala sekolah Drs. Lo Sing Kim. Pergantian kepala sekolah terjadi pada tahun 2000, karena Bapak Thomas Susanto, S.T. tidak mungkin memimpin pada dua jenjang berada, mengingat masing-masing jenjang membutuhkan perhatian dan konsentrasi berbeda dalam pengelolaannya.
Oleh Yayasan diputuskan agar Drs. Lo Sing Kim menjadi Kepala SMAK 6 BPK PENABUR dan dibantu oleh Etiwati, S.Pd., M.M. (sekarang adalah kepala Jenjang SLTAK PENABUR Jakarta. Namun, perkembangan pesat SMAK 6 dari waktu ke waktu sudah tidak memungkinkan untuk tetap berlokasi di komplek BPK PENABUR Modern Land. Sehingga pada tahun 2002 penerimaan siswa kelas X sudah mulai bertempat di komplek BPK PENABUR Gading Serpong. Pada tahun ajaran 2002 – 2003 proses kegiatan belajar mengajar (KBM) berada di dua lokasi, siswa kelas X sebanyak tiga kelas belajar di komplek BPK PENABUR Gading Serpong, dan siswa kelas XI dan XII belajar di komplek BPK PENABUR Modern Land. Dan pada tahun ajaran 2003-2004, seluruh kegiatan SMAK 6 secara resmi berpindah ke komplek BPK PENABUR Gading Serpong, sehingga nama sekolahpun menjadi resmi bernama SMAK PENABUR Gading Serpong Jakarta.
Selama menempati komplek BPK PENABUR Gading Serpong, awalnya SMAK PENABUR Gading Serpong ditempatkan dalam satu gedung yang sama dengan SMPK Gading Serpong BPK PENABUR Jakarta. SMAK PENABUR Gading Serpong menempati lantai 3 dan 4, sedangkan SMPK GS menempati lantai 1 dan 2. Status ini terus dipertahankan hingga akhirnya perkembangan SMAK GS yang amat pesat mengharuskan yayasan untuk membangun sebuah gedung tersendiri bagi SMAK GS. Pada bulan Oktober 2007, gedung baru berlantai 6 tersebut diresmikan, dan seluruh kegiatan SMAK GS berpindah ke gedung baru tersebut. Tahun demi tahun jumlah siswa-siswi SMAK PENABUR Gading Serpong terus bertambah dan pada tahun ajaran 2014-2015 yang di pimpin oleh bapak Satijan, M.Pd jumlah siswa mencapai angka 1054 orang. Mulai tahun pelajaran 2016-2017 SMAK PENABUR Gading Serpong tidak lagi dipimpin oleh Bapak Satijan, Bapak satijan digantikan oleh Ibu Budiasih, S.Pd, M.M hingga saat ini yaitu tahun pelajaran 2019-2020.
