SMAK PENABUR Gading Serpong merupakan penerus dari SMAK 6 BPK PENABUR Jakarta yang terletak di kawasan Modernland, Tangerang. Keberadaan SMAK 6 dimulai pada tahun 1999 untuk memenuhi kebutuhan lulusan SMPK Modernland BPK PENABUR Jakarta serta permintaan masyarakat Kota Tangerang dan sekitarnya yang menginginkan adanya sekolah BPK PENABUR pada jenjang SMU di wilayah tersebut. Dengan dukungan Yayasan BPK PENABUR Jakarta, SMAK 6 didirikan dan dipimpin oleh kepala sekolah pertama, Thomas Susanto, S.T. bersama dengan wakil kepala sekolah Drs. Lo Sing Kim. Pada tahun 2000, terjadi pergantian kepala sekolah karena Bapak Thomas Susanto, S.T. tidak bisa memimpin dua jenjang pendidikan sekaligus, yang masing-masing membutuhkan perhatian khusus.

Sebagai solusi, Yayasan BPK PENABUR menetapkan Drs. Lo Sing Kim sebagai kepala sekolah SMAK 6 PENABUR Jakarta, yang didampingi oleh Etiwati, S.Pd., M.M. sebagai wakil kepala sekolah.

Namun, dengan pesatnya perkembangan SMAK 6, lokasi di komplek PENABUR Modernland sudah tidak mencukupi lagi. Oleh karena itu, pada tahun 2002, proses penerimaan siswa baru untuk kelas X dipindahkan ke komplek PENABUR Gading Serpong. Pada tahun ajaran 2002-2003, kegiatan belajar mengajar dilakukan di dua tempat: siswa kelas X yang terdiri dari tiga kelas berada di komplek PENABUR Gading Serpong, sementara siswa kelas XI dan XII masih berada di komplek PENABUR Modern Land.

Pada tahun ajaran 2003-2004, seluruh kegiatan SMAK 6 dipindahkan secara resmi ke komplek PENABUR Gading Serpong dan berganti nama menjadi SMAK PENABUR Gading Serpong.

Saat berada di komplek PENABUR Gading Serpong, SMAK PENABUR Gading Serpong menempati lantai 3 dan 4, sedangkan SMPK PENABUR Gading Serpong berada di lantai 1 dan 2 dalam gedung yang sama. Kondisi ini terus berlanjut hingga perkembangan SMAK PENABUR  Gading Serpong yang pesat membuat yayasan memutuskan untuk membangun gedung baru khusus bagi SMAK PENABUR Gading Serpong. Pada bulan Oktober 2007, gedung baru berlantai 6 resmi digunakan, dan semua kegiatan SMAK PENABUR Gading Serpong dipindahkan ke gedung tersebut, sementara gedung lama kini sepenuhnya digunakan oleh SMPK PENABUR Gading Serpong. Kini SMAK PEMABUR Gading Seprong menjadi sekolah dengan yang cukup besar dengan tiap tahunya membuka 30 kelas reguler dan 3 kelas Brilliant Class (kelas khusus persiapan Olimpiade), yang mana Brilliant Class penabur Gading Serpong merupakan satu-satunya di BPK PENABUR.