SD Kristen 7 (sekarang SDK PENABUR Bintaro Jaya) mempunyai sejarah yang panjang sebelum berlokasi di Jl. Bintaro Melati VII Jakarta Selatan. Sekolah ini berdiri 1 Agustus 1950 sebagai sekolah petang, menempati lokasi yang sama dengan SD Kristen 2 di Jl. Pembangunan I No 23 Jakarta. Sekolah ini dikelola oleh Miss Mary Mayers dengan ketua Pdt. Tan Hong Kie, dan sekretaris Kie Tjin To dan Gouw Tjin Sien. Karena ada kebijakan Depdikbud agar semua sekolah petang ditiadakan, maka murid-murid SD Kristen 7 pada Juli 1986 disatukan dengan SD Kristen 2 (sekolah pagi) di bawah pimpinan Roosje G. Dumais. Sejarah Berdirinya SDK 7 PENABUR Bintaro Jaya.

Drs. Ruddy Koesnadi sebagai Ketua BPK PENABUR Jakarta waktu itu merasa perlu untuk membuka sekolah baru jenjang TK dan SD di kawasan pemukiman baru Bintaro Permai. Untuk itu dengan izin operasional SD Kristen 7 Jl. Pembangunan I No. 23 Jakarta, maka dibukalah kembali sekolah tersebut pada 20 Juli 1987 di Bintaro Puspita II G5. Sekolah tersebut menempati tiga buah rumah di kompleks perumahan setempat dan langsung menerima murid kelas 1 dan 2.

Kepala Sekolah yang pernah bertugas memimpin SDK PENABUR Bintaro Jaya yaitu:

1950 – 1979      : Indra Darmawan (Loa Wan Siang, )

1979 – 1980      : Roosje G. Dumais 

1980 – 1986      : Pratiwi E. Gazuli

1986 - 1997       : Lisia K. Setiadi 

1997 -  2004      : Dra. Junianti Rahardjo

2004 - 2010       : Lisia K. Setiadi

2010 - 2016       : Sukarni, S.Pd 

2016 - 2018       : Sylvana M. Situmorang, S.Sos

2018 - Sekarang : Joko Mulyono,S.Pd. M.M