SDK 2 PENABUR adalah salah satu sekolah awal yang didirikan oleh Gereja Kristen Indonesia Jawa Barat yang sudah ada sejak zaman Belanda. Pada awalnya gedung yang dipakai adalah gedung hibahan dari pemerintah Belanda. Lokasinya masih sama sejak didirikan sampai saat ini di Jalan Pembangunan 1 no. 23.

SDK 2 PENABUR merupakan sekolah pagi. Pada masa kepengurusan BPK PENABUR dengan ketuanya Mr. Yap Thiam Hien (1953 – 1957), fasilitas-fasilitas di SD Kristen 2 dan SMP kristen 2 milik Yayasan BPK Jabar diserobot petang hari tanpa izin, oleh Yayasan Mary Mayer Funds. Atas usaha Yap Thiam Hien persoalan tersebut dapat diselesaikan secara resmi.

Pengurus KPS Jakarta yang pernah menjadi penghubung sekolah ini: I.K. Adinata, Uripto Widjaja, Basuki, Ruben Budhisetiawan, Koko Tanumihardja, Egawati Hardjono, S.H., Poppy Soegondo, Lana Adisaputro, Dr. Indriani Widjaja

Kepala SDK 2 PENABUR:

1950-1951: Oey Tjian Heng
1951-1954: Go Swie Lioe
1 Oktober 1955-1962: Tan Joe Nio

1962-1971: Ny. Sarumpaet

1971-1990: Roosie G. Dumais

1990-2004: Esti Suprapti Lukman

2004-2010: Effy S. Kirana

2010-2012: Iriani Tri Rayahu

2012-2018: Joko Mulyono

2018- 2022: Veronica Kristanti, S.T. M.Pd

2022-2024: Lydiana., S.Th

2024-Sekarang: Tjhoi Heriyanto., S.Kom