Adapun program SMPK PENABUR Kota Jababeka adalah sebagai berikut :
Student Service : siswa berperan aktif dalam kegiatan gereja dan masyarakat
Competition Achievements : siswa mengikuti kompetisi individu/tim
Science Project Based Learning : siswa melakukan project based learning
Student’s Non Academic Portofolio : siswa mempunyai portofolio non akademik
Enrepreneurship : siswa mampu melihat peluang usaha
