TK Kristen 2 PENABUR Jakarta berdiri pada 1 Juli 1950. Gedung yang digunakan saat itu merupakan hibahan dari VCS (Vereniging  Christellijke Scholen). Lokasinya berada di Jalan Pembangunan I No. 23, Jakarta Pusat.

Selama berdirinya TK Kristen 2 PENABUR telah mengalami beberapa pergantian masa kepemimpinan, yaitu:
1. Sie Pek Kiok  (1951 – 1955)
2. Sylvia Maleakhi (1 Agustus 1955 – 30 Juli 1962)
3. Ny. Rahadian (1 Agustus 1962 – 31 Desember 1976)
4. Leriwarti Sutarna  (1 Januari 1977 – 30 Juni 1989)
5. Arianti Zakarias  (1 Juli 1989 – 30 Juni 2000)
6. Anik Kwartolo  (1 Juli 2000 – 30 Juni 2009)
7. Arianti Zakarias (1 Juli 2009 – 30 Juni 2013)
8. Dewi Sofa Tjoeng (1 Juli 2013 – 30 Juni 2017)

9. Jesslyn Bestari (1 Juli 2017 – 30 Juni 2018)

10. Naomi (1 Juli 2018 – 2021)

11. Marti Wahyu Harpendes (1 Juli 2021-sekarang)

Pengurus Yayasan BPK PENABUR  Jakarta  yang  pernah menjadi wali penghubung TK Kristen 2  PENABUR adalah:
– I.K. Adinata
– Uripto Widjaja
– Basuki
– Ruben Budhisetiawan
– A. Koko Tanumihardja
– Lana Adisaputro
– dr. Indriani Widjaja
– Lukman Sulistya
– Yunus Djunaedi
– Heru Ratna Azimada,SE
– Dr. Ir. Hadiyanto Budisetio,MM
– Ir. Paulus Mustika Soeralaya
– Pdt. Suta Prawira
– Drs. Rachmat Daniel Kosasih

– Bertrand Simon Huppe