Gedung SMPK 6 PENABUR Jakarta berdiri pada tahun 2011 di komplek Muara Karang Blok z 3 S, Jakarta Utara, namun SMPK 6 PENABUR Jakarta telah dirintis sejak Juli 2008. Gedung SMPK 6 PENABUR Jakarta merupakan salah satu gedung yang berdiri di dalam lingkungan kompleks Yayasan Pendidikan BPK PENABUR Muara Karang bersama dengan SMAK 6 PENABUR Jakarta. Gedung SMPK 6 PENABUR Jakarta dengan luas 6.500 m2 terdiri dari 4 (empat) lantai dengan lokasi yang strategis karena terletak di lingkungan perumahan dan mudah diakses dari berbagai tempat, baik dengan kendaraan pribadi maupun kendaraan umum. Kualitas dan keberadaan SMPK 6 Penabur mendapat penilaian positif dari masyarakat, sehingga SMPK 6 PENABUR Jakarta merupakan salah satu sekolah unggulan di kota Jakarta Utara yang Derakreditasi A.

Kepala sekolah yang pernah memimpin SMPK 6 PENABUR Jakarta :

1. Bapak Tjan Pan Lin : 1983-1984

2. Bapak Herman B. Suryadi : 1986-1994

3. Ibu Sri Sutjiati : 1994-2001

4. Ibu Ester Junianti : 2001-2008

5. Ibu Ciptiyani : 2008-2014

6. Ibu Rita Wanti : 2014-2017

7. Ibu Triana Nilasari : 2017-Sekarang