SMPK 1 PENABUR Jakarta adalah sekolah yang pertama berdiri untuk jenjang sekolah lanjutan pertama di lingkungan BPK PENABUR Jakarta ( dikenal SMPK 1 atau SMP Pintu Air atau P-1 ) . Sekolah ini mulai beroperasi pada tanggal 1 Juli 1950. Gedung tua peninggalan zaman Belanda yang berada di Jln. Pintu Air Raya No.11, Jakarta Pusat adalah tempat sekolah ini melaksanakan proses pendidikan.

Gedung ini pada awalnya digunakan oleh MULO, kemudian MULO berganti nama menjadi VCS ( Vereniging Christelijke Scholen ). Pada tahun 1950, gedung ini oleh pemerintah Hindia Belanda dihibahkan kepada BPTHKTKHKH ( Badan Tiong Hoa Kie Tok Kaeuw Hwee ) dengan ketuannya Ong Teng Houw, melalui HSK ( Himpunan Sekolah Kristen ). Kepala sekolah yang pertama kali memimpin SMPK 1 adalah Van Der Meer .

Sejarah BPK PENABUR tidak dapat dilepaskan dari sejarah Gereja Kristen Indonesia Sinode Wilayah Jawa Barat (waktu itu masih bernama Tiong Hoa Kie Tok Kauw Hwee Khu Hwee Djawa Barat – THKTKHKH Djabar) yang sudah ada sejak zaman Belanda. Sinode THKTKHKH Djabar menjadi salah satu pihak yang diberikan kepercayaan oleh badan-badan zending Belanda untuk mengurus sebagian badan-badan pendidikan yang ditinggalkan oleh mereka pasca berakhirnya kekuasaan Belanda di Indonesia. Kepercayaan ini langsung ditanggapi dengan cepat oleh Sinode THKTKH Djabar dalam sidangnya pada 28 Mei 1948 di Bandung dengan membentuk panitia yang bekerja untuk mengambil langkah-langkah penting dalam mendirikan serta membuka sekolah-sekolah Kristen. Panitia tersebut kemudian mendapat dukungan dari Pdt. Pouw Peng Hong, seorang pelopor gerakan berdikari gereja-gereja di Jawa Barat. Melalui dukungan dari Pdt. Pouw Peng Hong, Panitia pembentukan sekolah Kristen semakin gencar melakukan usaha-usahanya terutama dalam menghimpun dana serta dukungan dari para guru demi mewujudkan cita-cita luhur membuka sekolah Kristen di bawah naungan Sinode THKTKHKH Djabar.

Usaha-usaha dari Pantia membuahkan hasil. Pada tahun 1948–1950, Panitia yang sudah berubah menjadi Komisi Sekolah ini berhasil mendirikan empat sekolah petang di Jakarta dengan memanfaatkan gedung sekolah peninggalan zending. Keempat sekolah tersebut adalah Sekolah Dasar Kristen (SDK) yang terletak di Jalan Pintu Besi 29, SDK di Jalan Tanah Njonja (sekarang Jalan Gunung Sahari), SDK di Jalan Oranjeplein (Jalan Slamet Riyadi) dan SDK di Jalan Sluisbrugstraat (sekarang Jalan Pintu Air) Nomor 11. Berbeda dengan perkembangan sekolah Kristen di Jakarta yang dirintis melalui kegiatan belajar mengajar dan melibatkan para guru, perkembangan sekolah Kristen di Bandung lebih menekankan pada pengolahan iman Kristen terlebih dahulu dan melibatkan para pendeta.

Pada periode ini, terdapat beberapa perkembangan BP THKTKHKH Djabar demi mencapai cita-citanya untuk mendirikan sekolah-sekolah Kristen. Pendirian sekolah-sekolah Kristen mulai merambah ke kota-kota lain, kota-kota yang sebelumnya sudah berdiri Gereja THKTKHKH Djabar. Pada tahun 1953, BP THKTKHKH Djabar mulai merintis sekolah di Tasikmalaya yang menjadi cikal bakal dari BPK PENABUR Tasikmalaya. Disusul pada tahun 1955, BP THKTKHKH Cianjur didirikan, kemudian Bogor pada tahun 1958, Cimahi pada tahun 1961 dan Metro pada tahun 1967.

Tidak hanya mengembangkan sekolah-sekolah ke kota lain, BP THKTKHKH Djabar juga mengembangkan sekolah yang sudah ada di enam kota pertama. Misalnya yang terjadi pada BP THKTKHKH Djabar di Bandung. Pada tahun 1951, zending Belanda kembali menghibahkan TKK-SDK di Jalan Kebonjati. Kemudian pada tahun 1955 didirikan SDK di Jalan Guntur Bandung disusul dengan pembukaan SMPK di Jalan Jenderal Sudirman Bandung pada tahun 1961. Melengkapi TK, SD dan SMP yang sudah didirikan pada tahun sebelumnya, badan pendidikan ini membuka Sekolah Asisten Apoteker yang kini menjadi SMK Farmasi di Jalan Jenderal Sudirman Bandung. Melengkapi semua jenjang pendidikan, bermula dari gagasan beberapa pemuda-pemudi Kristen dari berbagai gereja di Bandung, maka BP THKTKHKH Djabar membuka SMA pada Juli 1965 di Jalan Kosambi Bandung dengan kepala sekolah pertama Drs. Kwee Hok Gwan. SMA inilah yang menjadi cikal bakal dari SMAK 1 BPK PENABUR Bandung.

Perkembangan lainnya dari BP THKTKHKH Djabar pada periode ini adalah pergantian bentuk dan nama Komisi Sekolah menjadi Komisi Pembantu Setempat (KPS) Jakarta pada tahun 1956 di mana anggota dari pengurus KPS ini merupakan anggota gereja THKTKHKH Djabar sebagai gereja yang menaungi badan pendidikan ini. KPS Bandung sendiri baru berdiri pada tahun 1959. Sejarah penting lainnya terjadi pada tahun 1967 ketika BP THKTKHKH Djabar berubah nama menjadi Jajasan Badan Pendidikan Kristen Djawa Barat (BPK Djabar) berdasarkan akta No. 33 pada tanggal 27 Januari 1967 di hadapan Notaris E. Pondaag. Melalui perubahan ini, BPK Djabar bersifat terbuka terhadap segala suku bangsa di Indonesia dan berdiri atas dasar Nilai-Nilai Kristiani.

Setelah berubah menjadi BPK Djabar, sekolah ini mendirikan kembali sekolah-sekolah lain di kota-kota lainnya. Pada tahun 1974, didirikanlah BPK Djabar Bandar Lampung dan pada tahun yang sama diikuti dengan bergabungnya sekolah Kristen di Rengasdengklok menjadi BPK Djabar Rengasdengklok serta bergabungnya sekolah Kristen milik salah satu keluarga di Cicurug pada tahun 1975 yang kemudian bernama BPK Djabar Cicurug. Di akhir dekade 1980, tepatnya pada tahun 1989, dibukalah BPK Djabar Serang. Selain di kota-kota tersebut, perkembangan sekolah-sekolah di masing-masing kota pun semakin pesat di mana setiap KPS kota-kota tersebut mendirikan kompleks sekolah lain maupun jenjang pendidikan lainnya.

Perkembangan BPK Djabar yang mulai berdiri di provinsi-provinsi lain dan juga cita-cita untuk menabur benih pendidikan Kristen ke daerah lain membuat Pengurus BPK Djabar memutuskan perubahan nama BPK Djabar menjadi BPK PENABUR pada tahun 1989 melalui akta nomor 121 yang dikeluarkan oleh Notaris Wiryomartani, S.H. dan lembaran Berita Negara Republik Indonesia tanggal 5 Mei 1989 nomor 36 disusul dengan pengesahan nama BPK PENABUR dalam Persidangan Majelis Sinode ke-46 GKI Jawa Barat tanggal 1 Juli 1989.

Sejak tahun 1989, BPK PENABUR mengalami perkembangan yang pesat. Pada tahun 1989, tercatat bahwa BPK PENABUR sudah memiliki 100 sekolah, berkembang pada tahun 1999 dengan 124 sekolah dan tahun 2010 dengan 135 sekolah termasuk sekolah-sekolah internasional yang dikembangkan mulai tahun pelajaran 2006-2007 dengan nama PENABUR International School. Selain sekolah internasional, BPK PENABUR juga membuka program-program lainnya seperti Sekolah Nasional Plus, Program Billingual maupun Program Kelas Akeselerasi. Sejak tahun 1989, BPK PENABUR mulai menorehkan prestasinya di dalam dunia pendidikan, ditandai dengan prestasi yang diraih oleh siswa-siswinya dalam berbagai perlombaan maupun olimpiade pendidikan mulai dari tingkat regional, nasional maupun internasional. Dari prestasi ini, BPK PENABUR telah menghasilkan banyak master-master Fisika untuk Indonesia.

Saat ini SMPK 1 PENABUR Jakarta memiliki 12 kelas dengan 4 kelas pada setiap tingkatannya,SMPK 1 menjawab kebutuhan akan pendidikan yang terus berkembang yang mengharapkan agar peserta didik tidak hanya memiliki kemampuan secara intelektual tetapi juga mempunyai keahlian untuk kreatif berpikir kritis oleh karena itulah sejak tahun 2012 SMPK 1 Memiliki Program Entrepreneurship yang mengajarkan setiap siswa untuk bisa bekerja sama,berpikir kritis dalam memecahkan setiap masalah yang diberikan pada setiap jenjang kelas.

Daftar Nama Kepala Sekolah sejak berdiri: