Pada awalnya, SDK 1 PENABUR berdiri dengan nama “ Vereniging Van Chineze”. Kemudian pada tahun 1929 (masa penjajahan Hindia Belanda) berganti nama menjadi “School Met den Bijibel”.  H.C.S (Hollands Chineze School) dan H.C.Z.S (Holland Chineze Zendings School).

Pada masa pemerintahan Republik Indonesia, sekolah ini berganti nama menjadi Sekolah Dasar Kristen 1. Dibawah pengawasan Yayasan BPK Tiong Hoa Kie Tok Kauw Hwee, yang diketuai oleh Ong Teng Houw, sekretaris Lien Boen Liong dan anggota Lie Bo Tay.

Sejak April 2008 SDK 1 PENABUR telah berubah dari bangunan lama menjadi bangunan baru terdiri dari 14 ruang kelas.Dan pada tahun 2019 menjadi 18 kelas, juga terdapat ruang laboratorium komputer, laboratorium IPA, ruang Bimbingan Konseling (BK), perpustakaan, aula, lapangan olahraga dan Unit Kesehatan Gigi Sekolah (UKGS).