Sejarah SMPK PENABUR Depok tidak dapat dilepaskan dari sejarah Gereja Kristen Indonesia yang sudah ada sejak zaman Belanda. Saat bersejarah yang penting dicatat ialah tgl. 19 Juli 1950 sebagai lahirnya Badan Pendidikan Tionghoa Kie Tok Kauw Hwee Khu Hwee Djawa Barat (selanjutnya disingkat BP THKTKHKH Jabar) berdasarkan Akte Notaris H.J.J. Lamers di Bandung yang diwakili oleh calon Notaris Tan Eng Kiam.
Pada tahun 1967, setelah lebih dari 25 tahun sebagai bangsa merdeka, rasa kebangsaan Indonesia makin menebal, sehingga pembangunan bangsa dan pembangunan karakter perlu mendapat wujud yang lebih nyata. Nama Badan Pendidikan yang memakai nama Cina perlu mendapat ganti nama sesuai dengan keadaan. Lebih-lebih setelah terjadi Gerakan 30 September 1965. Apa yang dilakukan oleh BAPERKI yang bersifat integratif, sudah tidak sesuai lagi dengan kegiatan yang dilakukan oleh golongan yang menghendaki asimilatif. Karena itu dipandang perlu untuk memperbaharui dengan pembuatan akte baru.
Tokoh Oey Giok Tjeng selaku Ketua Yayasan dan Tjiok Tjing Ho sebagai Sekretaris Yayasan Badan Pendidikan yang lama datang kepada Notaris E. Pondaag untuk membuat akte baru. Maka pada tanggal 27 Januari 1967 dengan nomor akte 33 berdirilah Yayasan Badan Pendidikan Kristen Djawa Barat yang berkedudukan di Jakarta. Apa yang terdantum dalam akte pendiriannya, tampak sekali bahwa sifat badan lama yang masih etnis Cina atas dasar agama Kristen, telah berubah bersifat nasional Indonesia atas dasar agama yang sama.
Yayasan yang bernama Badan Pendidikan Kristen Djawa Barat selanjutnya disebut BPK Jabar) didirikan dengan dasar pada kesaktian alkitab dan bahwa Yesus Kristus adalah Anak Allah dan Juruselamat Dunia. maksud dari yayasan tersebut adalah untuk membina manusia Indonesia berlandaskan Pancasila, yaitu Dasar Negara Republik Indonesia (Yayasan lahir dalam zaman demokrasi Pancasila). Sedangkan tujuannya adalah untuk memberi pelayanan Kristen di bidang pendidikan dan pengajaran dalam arti seluas-luasnya.
Dengan nama BPK Jabar, pengertian wilayah kegiatannya hanya mencakup wilayah provinsi Jawa Barat saja. pada waktu itu Jakarta masih dianggap seperti bagian dari Jawa Barat, jadi mengikuti pola pemerintahan Belanda di Indonesia. Dengan dipilihnya Jakarta sebagai pusat BPK Jabar, peranan Jakarta makin besar terutama dengan pertimbangan bahwa Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia berkedudukan di Jakarta. Sehingga segala sesuatu yang menyangkut pendidikan, penyelesaiannya di Jakarta. Lebih-lebih setelah secara hukum ditetapkan bahwa Jakarta menjadi ibukota Republik Indonesia (1964), maka posisi Jakarta sebagai pusat kegiatan BPK Jabar makin mantap.
Dalam kondisi sosial-ekonomi serta komunikasi yang makin membaik, maka dilakukan perluasan oleh BPK Jabar sampai ke Lampung. Maka didirikanlah sekolah dibawah BPK Jabar di Bandar Lampung maupun Metro. Dengan Jakarta yang bukan bagian dari Jawa Barat dan Lampung yang jelas sebagai salah satu propinsi di luar Jawa dan hanya dipisahkan oleh Selat Sunda dari Jawa Barat, maka timbullah pemikiran-pemikiran untuk mengubah nama Badan Pendidikan Kristen Jawa Barat dengan istilah lain.
Melihat kenyataan-kenyatan yang ada serta aktivitas pengurus dari BPK Jabar telah nyata sebagaimana dikemukakan dalam pasal 2 dan 3. Agar seluruh kegiatan yang dilakukan sesuai dengan keadaan baru, maka diperlukan landasan hukum yang lebih mantap. Pada hari Selasa tanggal 21 Maret 1989 telah menghadap Notaris Winanto Wiryomartani, S.H. dua orang pengurus BPK Jabar, yaitu Drs. Djufrie Natanael Sentana, MBA. selaku Ketua Umum Pengurus Harian dan Drs. Michael Tanok selaku Sekretaris BPK Jabar. Dibuatlah Akte yang bernama Badan pendidikan Kristen PENABUR (BPK PENABUR) tertanggal 21 Maret 1989 Nomor 121 yang dimuat dalam Berita Negara RI tanggal 5 Mei 1989 No. 36.
BPK PENABUR telah menyebutkan adanya Mukadimah sebagai berikut: Mengingat bahwa Gereja Kristen Indonesia Jawa Barat yang hidup di dalam persekutuan dengan Gereja yang kudus dalam mengemban amanat panggilan pelayanan dan kesaksian tersebut adalah di bidang pendidikan, maka Gereja Kristen Indonesia Jawa Barat mendirikan dan mengasuh suatu Yayasan Pendidikan Kristen yang berdasarkan iman Kristen, sesuai dengan kesadaran bahwa pendidikan itu mengarah kepada pembentukan mansuai seutuhnya. Selanjutnya disebutkan, bahwa yayasan tersebut berkedudukan di Jakarta dan berdasarkan pancasila dan bertujuan ikut membentuk manusia Indonesia seutuhnya melalui bidang pendidikan sebagai perwujudan panggilan pelayanan dan kesaksian Kristen.
