SMPK PENABUR HARAPAN INDAH pertama kali memulai proses belajar mengajarnya pada tahun ajaran 2007 / 2008, diresmikan  tanggal 23 Juli 2007. Angkatan pertama SMPK PENABUR HARAPAN Indah ini terdiri atas 4 kelas dengan total 112 siswa.

Pada tahun ajaran pertama ini kegiatan belajar mengajar dilaksanakan disebuah ruko yang beralamat di Sentra Bisnis Blok SB, No. 1 – 7 Bekasi, dengan berbagi gedung dengan SDK PENABUR Harapan Indah. Namun penggunakan ruko ini hanya bersifat sementara selama masa proses  pembangunan gedung sekolah baru.

Menempati ruko yang tidak terlalu besar, fasilitas belum maksimal, seperti penggunaan 1 ruangan sebagai laboratorium fisika dan biologi dan juga belum memiliki peralatan praktek lengkap. Penggunaan perpustakaan bersama dengan SD dan tidak adanya lapangan olah raga. Akan tetapi dibalik segala keterbatasan itu, tidak mempengaruhi semangat proses belajar mengajar.

Pada tahun selanjutnya yaitu pada tahun 2008, SMPK PENABUR Harapan Indah melangsungkan proses belajar mengajarnya di gedung permanen di jalan Harapan Indah Boulevard Kav. 21, tetapi masih dalam 1 gedung bersama dengan TKK, SDK dan SMAK PENABUR Harapan Indah di gedung SDK, mengingat TKK hanya 1 angkatan, SDK 3 angkatan, SMPK 2 angkatan dan SMAK 1 angkatan.

Gedung yang baru dioperasikan selama 2 bulan sebelum akhirnya diresmikan pada tanggal 14 September 2008. Pada tahun 2009, TKK dan SDK menggunakan gedung TKK yang ada disebelah gedung sehingga SMPK PENABUR HARAPAN INDAH masih 1 gedung dengan SMAK PENABUR Harapan Indah.

Kepala SMPK PENABUR Harapan Indah :

2007 - 2015       : Drs. Suradi Buntoro

2015 - 2016       : Titik Rahma Utami,M.M

2016 - 2021       : Dra. Ciptiyani.,M.Pd

2021 - sekarang  : Dra. Ester Junianti.,M.M