Berdirinya TKK – SDK PENABUR BEKASI tidak lepas dari kerinduan Jemaat GKI Agus Salim Bekasi untuk memiliki sekolah sendiri dengan pola pendidikan yang berkualitas serta mengajarkan nilai-nilai Kristiani. Apalagi PENABUR belum memiliki sekolah di kawasan ini. Kemudian, Pengurus PENABUR dan Majelis Jemaat GKI Agus Salim bahu-membahu untuk mewujudkan impian tersebut. Pada saat pendaftaran dibuka, sekolah belum memiliki bangunan apapun. Gedung yang disiapkan belum jadi. Penerimaan pendaftaran dilakukan di kantor gereja, bahkan dibantu oleh petugas TU gereja. “Sempat saat itu ada opa-opa datang mendaftarkan cucunya, terus kita diomel-omelin, ‘berani-beraninya Anda membuka sekolah, jual formulir, dan menerima pendaftaran. Gedungnya mana, jangan seperti menjual kucing dalam karung’,” kisah Enik Hernawati, yang pada saat sekolah ini berdiri membantu penerimaan murid. Memang, saat itu bangunan sekolah belum ada, sehingga sungguh-sungguh berkat Tuhan dan kerinduan jemaatlah yang mencukupkan segala sesuatunya. Buktinya, pertama kali dibuka, jenjang TK langsung menerima 25 murid, yang terdiri dari 7 anak Kelompok Bermain, 11 anak TK A, dan 7 anak TK B. Murid yang diterima di kelas 1 SD pun berjumlah 15 anak. Jumlah pendaftar tersebut kemudian meningkat tahun demi tahun, sampai-sampai kendala paling besar yang dihadapi adalah kekurangan ruangan. Hal ini menunjukkan bahwa keberadaan Sekolah PENABUR di kawasan ini memang sudah dinanti-nantikan, baik oleh Jemaat GKI Agus Salim, maupun jemaat kristiani secara umum. Saat dimulai tahun pelajaran baru 2004 – 2005, sekolah hanya memiliki 3 ruang kelas, sehingga untuk TU, ruang kepala sekolah, dapur dan perpustakaan terpaksa nebeng gereja. Bahkan perabot yang digunakan pun dipinjami oleh gereja. Ruang kelas juga minim fasilitas. Namun, dengan segala keterbatasan pada waktu berdirinya, peran gereja sangatlah besar. Pengurus BPK PENABUR Jakarta, Bakal BPK PENABUR Bekasi, dan majelis gereja tidak segan-segan mendukung, membimbing, dan mengulurkan bantuan untuk sekolah ini. Sedikit demi sedikit fasilitas sekolah mulai dilengkapi. Perjuangan pengurus dan gereja dalam mendukung sekolah ini pada masa-masa sulit tersebut memang patut diacungi jempol. Mulai tahun pelajaran 2007 – 2008, pengelolaan sekolah ini berada di tangan Bakal BPK PENABUR Bekasi. Bakal PENABUR Bekasi diketuai oleh Ir. Bambang Tjahjono, Sekretaris Silas Suhardi, Bendahara Ir. Solihin Mangunwijata dan Yakob Ramlan. Jika sebelumnya di bawah PENABUR Jakarta sekolah ini memiliki dukungan dan jaringan yang luas, kini guru-guru, kepala sekolah, gereja, pengurus harus bahu-membahu secara mandiri mengelola sekolah ini. Manfaatnya, hubungan antara pengurus dengan sekolah menjadi sangat dekat. Pengurus tak segan-segan terlibat langsung mendampingi guru-guru dan kepala sekolah jika ada permasalahan. Pihak sekolah pun terbiasa secara mandiri menyelesaikan permasalahan, bersosialisasi dengan warga sekitar, membeli peralatan sendiri dan sebagainya. Hal ini secara positif memupuk self of belonging guru-guru terhadap sekolah. Namun, berjuang bersama tentu lebih baik daripada sendirian. Tanpa mengesampingkan jasa-jasa Bakal BPK PENABUR Bekasi, pada sekitar bulan Januari 2009 sekolah ini kembali dikelola oleh BPK PENABUR Jakarta. Penyesuaian-penyesuaian di bidang pengajaran, kualitas SDM, fasilitas dan sistem mulai dilaksanakan. Beberapa guru, termasuk kepala sekolah diambil dari sekolah PENABUR Jakarta. Dengan menjadi bagian Jakarta, sekolah ini dapat menjadi setara dengan sekolah-sekolah unggulan lainnya. Bukti nyatanya adalah pembangunan fisik yang telah dilakukan untuk menampung jumlah murid yang kian besar. Salah satu kejadian unik yang harus dialami oleh kepala-kepala sekolah baru adalah pada saat mereka harus “memperkenalkan diri” kepada warga sekitar. Hal ini tidak pernah atau jarang terjadi di sekolah PENABUR di Jakarta. Tetapi karena sejak semula TKK – SDK PENABUR BEKASI ini secara mandiri menjalin hubungan dengan warga, maka pendekatan-pendekatan terhadap warga sekitar mulai dilakukan dengan pandangan bahwa setiap masyarakat memiliki ciri khas tertentu. Kini, jenjang TK sekolah ini memiliki 6 rombongan belajar, yakni Kelompok Bermain, TK A dan TK B.  Sedangkan jenjang SD memiliki 12 rombongan kelas, dengan paralel 2 untuk kelas I – VI.