Pada tanggal 1 Agustus 1949 didirikan SDK Petang di Jl. Gunung Sahari ( dahulu jalan Tanah Njonja ) No : 90 – A Jakarta Pusat dikepalai oleh Tan King Houw. Satu tahun setelahnya tepatnya tanggal 19 Juli 1950 berdirilah SDK 3 yang lebih dikenal oleh masyarakat sebagai SDK Tanah Njonja. SDK 3 mempunyai jam belajar di pagi hari, dan siang harinya digunakan oleh SDK Petang ( saat ini SDK 6 ) yang mulai bulan Juli tahun 1990 pindah ke komplek Kelapa Gading.
Seiring berkembangnya komplek PENABUR Gunung Sahari ( TKK 7, SDK 3, dan SMAK 3 ) dan permasalahan lahan, pengurus yayasan berencana untuk memindahkan TKK 7 dan SDK 3 ke Jalan Gunung Sahari 4 ( berdekatan dengan GKI Gunung Sahari ) untuk kemudian di Jalan Gunung Sahari khusus untuk SMAK 3 Penabur. Realisasi rencana ini diharapkan selesai di tahun ajaran 2013 – 2014 mendatang.
Sejak awal berdiri sampai saat ini SDK 3 telah berganti pimpinan sebanyak 17 kali, dengan urutan sebagai berikut :
1. Goei Jam Soen : ( 1950 – 1951 )
2. Lydia Halim : ( 1951 – 1954 )
3. Riupassa
4. Djwa Toan Nio
5. Gan Hok Soan ( 1954 – 1985 )
6. Letje Siem Tjin Ho
7. Emmy S Widjaya
8. Kartika Tjahjana
9. Lina Halim : ( 1985 – 1988 )
10. Bungah M Lestari : ( 1988 – 1993 )
11. Effy S Kirana : ( 1993 – 2004 )
12. Iriani Tri Rahayu : ( 2004 – 2006 )
13. Lidia Lim : ( 2006 – 2009 )
14. Widi Astuti : ( 2009 – 2010 )
15. Erna Harmadji : ( 2010 – 2013 )

16. Susanty Magdalena : (2013 - 2021)

17. Agung Prasetya : (2021-sekarang)

Tahun 2019 SDK 3 PENABUR pindah gedung sekolah. Dari gedung sekolah lama di Jl. Gunung Sahari Raya no.90A pindah ke gedung sekolah baru Jl. Gunung Sahari IV no. 10. Pada tanggal 24 Agustus 2019 oleh Bapak Adri Lazuardi, S.H. (Ketua BPK PENABUR) dan Bapak Ir. Antono Yuwono (Ketua Umum BPK PENABUR Jakarta).

Pada tahun 2023 ini, SDK 3 memasuki usia 73 tahun menjadi tempat pembelajaran bagi peserta didik dengan metode mengajar mengikuti perkembangan zaman.