Sekolah PENABUR Kota Wisata Sebagai Wujud Sinergi Antara Sekolah dan Gereja Pembukaan Sekolah PENABUR Kota Wisata, diawali dengan adanya desakan dari warga jemaat GKI Kayu Putih Bakal Jemaat (Bajem) Kota Wisata yang rata-rata adalah orangtua yang memiliki anak-anak usia sekolah dan mereka pada umumnya adalah alumni BPK PENABUR. Menimbang akan adanya kebutuhan sekolah di kompleks Perumahan Kota Wisata, maka pada tanggal 10 Maret 2009, BPK PENABUR Jakarta memutuskan untuk membentuk cabang sekolah BPK PENABUR di wilayah ini. Peresmian SDK PENABUR Kota Wisata dilaksanakan pada hari Senin, 13 Juli 2009 oleh Ir. Robert Robianto sebagai Ketua BPK PENABUR Jakarta. Tahun 2009 sampai bulanJuni 2014, SDK PENABUR KOTA WISATA BERALAMAT DI RUKO TRAVALGAR Blok SEI No. 20. Saat itu menempati 8 ruko untuk menunjang kegiatan belajar mengajar. Pada saat ini SDK PENABUR Kota Wisata sudah menempati gedung baru di kompleks PENABUR KOTA WISATA beralamat di Perumahan Kota Wisata Blok SJ, Jalan Transyogi Km 6 Ciangsana, Gunung Putri, Bogor. Dengan fasilitas dan prasarana yang lebih memadai.
Kepala Sekolah SDK Kota Wisata :
1. 2009 - 2011 Horas Marinten
2. 2011 - 2018 Aneke Kilis
3. 2018 - Sekarang Djanurida Surjawati