SMP Kristen PENABUR Kota Wisata adalah sekolah menengah pertama yang berada dibawah naungan BPK PENABUR Jakarta. Sekolah ini merupakan sekolah baru yang didirikan disebuah lahan berluas 4,8 ha di kawasan ternama Kota Wisata. Sekolah ini diprediksikan akan menjadi sekolah yang terbesar yang dimiliki oleh BPK PENABUR Jakarta, yaitu sebuah lembaga pendidikan Kristen yang berada dibawah naungan sinode Gereja Kristen Indonesia.

Tahun 2013, tepatnya 22 Juli 2013 adalah tonggak sejarah bagi SMP Kristen PENABUR Kota Wisata. SMPK PENABUR Kota Wisata secara resmi diresmikan pada Sabtu, 30 Mei 2015 oleh Bupati Kabupaten Bogor Ibu Hj. Nurhayanti bersama ketua BPK PENABUR Bp. Ir. Robert Robianto,  dan Ketua PENABUR Jakarta Bp. Adri Lazuardi, S.